Maintenant qu'A.L.I.E. a été détruite, les Natifs sont redevenus méfiants envers Skaikru, et notamment la Nation de Glace qui tente un autre coup d'état. Mais Clarke prévient ses amis, ils ont six mois pour trouver comment survivre à l'entrée en fusion des réacteurs nucléaires qui n'ont pas été détruit par l'apocalypse. Alors que des alliances se forment entre clans, la course contre la vague mortelle de radiations appelée « Praimfaya » commence mais les guerres entre Natifs et contre Skaikru mettent en péril la survie des humains.
